Projet Final : Analyseur de Séquences
Combinez tout ce que vous avez appris pour construire de A à Z un script simple d'analyse de séquences.
Le Défi
Votre objectif est d'écrire un script qui lit une séquence d'ADN depuis un fichier, calcule ses fréquences nucléotidiques (combien de A, C, G et T), puis détermine son taux de GC.
Exemple d'Implémentation
def analyser_sequence(fichier):
# 1. Lire la séquence
with open(fichier, "r") as f:
seq = f.read().replace("\n", "").upper()
# 2. Compter les fréquences à l'aide d'un dictionnaire
comptes = { "A": 0, "C": 0, "G": 0, "T": 0 }
for base in seq:
if base in comptes:
comptes[base] += 1
# 3. Calculer le taux de GC
total = len(seq)
taux_gc = ((comptes["G"] + comptes["C"]) / total) * 100
return comptes, taux_gc
# Faisons un test ! (En supposant que 'sample.txt' contienne 'ATGCGCGAT')
# comptes, gc = analyser_sequence("sample.txt")
# print("Fréquences :", comptes)
# print(f"Taux GC : {gc:.2f}%")
Fréquences : { 'A': 2, 'C': 2, 'G': 3, 'T': 2 }
Taux GC : 55.56%
Taux GC : 55.56%
Prochaines Étapes
Félicitations ! Vous avez terminé Python 101. Vous êtes maintenant équipé des outils fondamentaux de la programmation. Il est temps de s'attaquer aux vrais problèmes de la biologie.